Schiffsmodelle
Auf der Abteilung Schifffahrt werden die friesische Küstenschifffahrt, die Binnenschifffahrt (z. B. mit so genannten Skûtsjes), die Börtschifffahrt, die Fischerei, die Frachtschifffahrt, der Schiffsbau und die friesische Admiralität behandelt. Einzigartig ist die Ausstellung über die Sportschifffahrt mit alten und modernen Segelyachten. Das Rückgrat der Sammlung bilden 300 Schiffsmodelle und einige echte Schiffe.
Stilzimmer
Die Sneker Oudheidkamer bietet einen Einblick in die Wohn- und Lebenskultur der Kaufleute aus Sneek und Südwestfriesland. Neun Stilzimmer zeigen verschiedene Interieurs aus dem 18. und 19. Jahrhundert, von elegantem Speisezimmer bis zur Opkammer eines Bauernhofs. Besonders ist auch die Eishalle, die dem Schlittschuhlaufen gewidmet ist. Die Geschichten, die zu den Objekten gehören, werden in unterschiedlicher Weise erzählt. Zum Beispiel durch Informationsblätter in jedem Raum, Audiotouren und Multimedia (Videos). Für Kinder gibt es das Kindermuseum.
Kindermuseum
Der größte Raum im Fries Scheepvaart Museum ist speziell für Kinder reserviert. Im interaktiven Kindermuseum können Kinder in einem Plattboden-Segelboot spielen, ein echtes Floß bauen, entdecken, wie Flaschenzüge funktionieren und in der Unterwasserwelt wegträumen. Außerdem gibt es verschiedene digitale Games, um in spielerischer Weise mehr über die Schifffahrt zu lernen. Man kann sich auch als Wikinger verkleiden, auf einem Wikingerschiff mitrudern und in einem Wikingerzelt „übernachten“.
Familienführung
Zum optimalen Kennenlernen des Museums empfiehlt sich die spezielle Familienführung. Ein Museumsführer nimmt die ganze Familie dann ins Schlepptau und erzählt mehr über verschiedene Aspekte der friesischen Schifffahrt. Unterwegs gibt es Mitmachaufgaben für Jung und Alt. Das Museum ist täglich geöffnet. Eine Familienführung muss jedoch fünf Tage im Voraus reserviert werden.